Para promover un desarrollo armónico e integral de la educación superior en todo el país, la ANUIES está organizada en seis diferentes regiones, constituidas por las instituciones asociadas establecidas en las entidades federativas siguientes:
Región Noroeste
Baja California, Baja California Sur, Chihuahua, Sinaloa y Sonora.
Región Noreste
Coahuila, Durango, Nuevo León, San Luis Potosí, Tamaulipas y Zacatecas.
