Para cumplir cabalmente con los compromisos declarados en la Misión, la ANUIES tiene los objetivos siguientes:

Promover el mejoramiento integral y permanente de la calidad y cobertura de los programas y servicios que ofrecen las instituciones afiliadas.

Realizar estudios estratégicos sobre la educación superior para prever los cambios, diseñar y concertar políticas, y sustentar la toma de decisiones.

Articular los intereses académicos y administrativos de las instituciones asociadas y representarlas ante instancias gubernamentales y organismos públicos y privados, nacionales y extranjeros.

Propiciar la cooperación, la internacionalización y el intercambio académico de sus miembros.

Aportar soluciones a los problemas de la educación superior y opciones para su desarrollo con calidad en los ámbitos nacional, regional y estatal.

Promover proyectos y actividades interinstitucionales que propicien la convergencia de intereses de los organismos asociados en los ámbitos nacional, regional y estatal.

Fomentar el intercambio nacional, regional y estatal de información, servicios y personal académico y/o especializado entre las instituciones asociadas para una mejor comunicación y realización de tareas comunes.

Promover las relaciones y el establecimiento de convenios con organizaciones nacionales y extranjeras, al igual que con los sectores social y productivo.